Marvel: Avengers Alliance, The Pulse olarak bilinen galaksi çapında bir afet sonrasında geçiyor. The Pulse sonucunda Manhattan Marvel’ın en ölümcül ‘Süper Kötüler’inin saldırılarına açık hale geliyor.
Oyuncular Marvel Universe’ün gizli casusluk ve barışı koruma örgütü S.H.I.E.L.D. saflarına katılıp New York’u Loki, Doktor Doom ve Magneto gibi düşmanların yanısıra, Hydra ve AIM gibi sinsi suç örgütlerinin pençelerinden kurtarmak üzere bir araya geliyor ve Süper Kahraman takımlarına liderlik ediyorlar.