Indivisible'da Ajna adlı kızın, sahip olduğu güçlerin ardında yatan gizemi çözmek için bir yolculuğa çıkacak. Ajna'nın yolculuğu boyunca yeni kişilerle tanışacak, yeni güçler ve özellikler kazanacak ve türlü düşmanlara karşı mücadele vereceğiz.
Valkyrie Profile ve Super Metroid gibi yapımlardan esinlenilerek geliştirilen bu oyunun müzikleri Secret of Mana'nın müziklerinin bestekarı Hiroki Kikuta tarafından ele alınacak.