Bu oyun, Karanlık Lord'u yok eden Cesur Emiya'nın hikayesinden bahsediyor. Ama ondan sonra Emiya küfretti ve karışık bir şeytan oldu. Aynı zamanda gerçeği bilmeyen insanoğlunun peşine düşmüştür. Bu yüzden Emiya, laneti kaldırmanın bir yolunu bulmaya kararlıydı. Emiya'nın sonunu oyuncunun seçimi belirleyecek.