G.I. Joe: Operation Blackout 18 görevden oluşan ve tek oyunculu ya da split-screen coop olarak oynanabilecek hikaye moduna sahip olacak. Ayrıca Capture the Flag, Assault ve King of the Hill gibi oyun modlarının bulunacağı PvP multiplayer içerecek. Oyuncular Duke, Snake Eyes, Cobra Commander, Destro, Roadblock ve Storm Shadow dahil olmak üzere Team Joe ve Team Cobra'dan 12 karakterle oynayabilecek.