Pokémon Shuffle, Puzzle ve Dragons'a benzeyen bir Match 3 oyunudur, burada oyun tablosunda aynı çeşit olan üç ya da daha fazla Pokemon karakterini eşleştirmeniz gerekiyor. Her seviyede amaç, oyunun sonunda yakalamaya çalıştığınız Pokemon karakterine karşı savaşmalısınız.