Deus Ex: Bölünmüş İnsanlık, Aug Olayı olarak bilinen ve tüm dünyadaki mekanik olarak güçlendirilmiş insanların kendi beden ve zihinlerini kontrol edemez hale getirildikleri ve bunun sonucunda milyonlarca masum insanın öldüğü dönemin sonrasında geçiyor. Yıl 2029, yapay güçlendirmenin altın çağı geride kalmış. Mekanik olarak güçlendirilmiş insanlar diğer insanlardan soyutlanarak toplum dışına itilmiş. Artan suç ve terör eylemleri, insanlığın geleceğini kontrol etmek için girişilen ağır komployu gözlerden uzak tutacak bir sis perdesi olarak kullanılıyor...
