Kahraman Kohaku, daha önce hiç görmediği bir fabrikada uyanır. Bir anda önünde değerli bir kılıç belirir.
Kılıç kendisini ExeBreaker olarak tanıtır. ExeBreaker kılıcında, zamanı üç saniyeye kadar geri sarma gücü olan ouroboros sistemi bulunur.
Neler olduğunu anlamayan Kohaku, ExeBreaker'ı alır ve telaşla Cogen Şehri'ne gelir.
Kohaku, Cogen Şehri'nin tam bir kargaşada ve değişmiş olduğunu görür. Gizemi çözmek için maceraya başlar.